В первом случае, вызывается общее окно лимитированных и в нем проставляется индексный коэффициент. Но накладные и плановые в таком расчеты одинаковы для всех расценок, при этом неважно разбита смета на разделы или нет.
Если Ваша смета разбита на разделы и Вы хотите применить индексный коэффициент в конце сметы, Вам необходимо использовать режим: Лимитрованные в каждой расценке. Затем выбираете Меню Сервис-Команда Накладные расходы по МДС 33 - Подкоманда Присвоить значения каждой расценке - в окне открывшемся, выставляете индексный коэффициент - нажимаете ОК. После этого, можно распечатать смету (незабудьте настроить предпечатный диалог), индексный коэффициент будет показн по каждому разделу и в конце сметы справочно.